牡丹花的种子呈扁圆形，大小约为0.3-0.5厘米。它们通常被包裹在一个果荚（fruit capsule）中，该果荚的形状类似于豆荚，内部含有许多划分不同区域的芯片，每个芯片上面都有一些种子。
牡丹花的种子颜色通常为棕色或黑色，有时也会呈现出深红色等其他色彩。
牡丹花的种子表面通常是光滑的，但触摸起来却有种垫软的质感，比较柔软。成熟后的种子外壳较硬，但种子内部却相对柔软，轻轻捏起来即可将其变形。
牡丹花的种子是可以保存的。在植物种子保存箱中，将种子密封起来，并储存于低温，低湿度的地方。冷藏温度范围为0-5℃，相对湿度需控制在20-30%之间。这样可以有效延长种子的保存期限，达到更好的种植效果。
牡丹花的种子发芽率相对较低，在一般情况下需要较长时间才能发芽。通常情况下，种子需要在接受温度适宜，水分充足以及适当的光照情况下才能发芽。一般来说，牡丹花的种子发芽需要1-2年的时间。
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